機動戦士ガンダム00
『機動戦士ガンダム00』では、ごく一部の機体にのみコア・ファイターが採用されている。また、そのどれもが太陽炉搭載機であり、ソレスタルビーイングに関係した陣営のみが運用している点が特徴である。
このうち、ガンダムタイプでコア・ファイターを装備する機体が外伝作品「00P」、「00F」に登場する第2世代ガンダム「ガンダムプルトーネ」である。この機体は実験機である第2世代ガンダムに該当し、パイロットに加えオーバーテクノロジーとも呼べる太陽炉を秘匿・保護するために、コア・ファイターのテストが行われていた。
このプルトーネによる実験結果の基、ソレスタルビーイングの機体として本編に登場する第3世代ガンダム、そして第4世代ガンダムが完成するが、コア・ファイターの概念がそのまま引き継がれることはなかった。これら新世代機のうち、プルトーネの系譜にあたる「ヴァーチェ」は、内部にもう一つのMS「ナドレ」を内包、その後継である「セラヴィー」は背面にバックパックに偽装されたもう一つのMS「セラフィム」を搭載している。この「もう一つのMS」は、コア・ファイターをMS化したものととらえることもできる。
対して、セカンドシーズンにおいて主人公側と対立する「イノベイター」陣営は、彼らの設計したほぼ全ての機体にコア・ファイターを搭載している。これら機体の特徴としては、すべて機体背面にバックパックとしてコア・ファイターを装備している点である。うち、イノベイター専用機である「ガデッサ」「ガラッゾ」「ガッデス」は、コア・ファイター内部に太陽炉を搭載、ガンダムスローネの系統にある「アルケーガンダム」のみ、太陽炉を持たずに分離する。
劇中では、コア・ファイター搭載機が総じて敵陣営の機体であることから、撃破されパイロットが脱出するシーンが多数見られる。また、背面に取り付き、コア・ファイターを引きちぎって脱出不可能にする描写もなされている。
機動戦士ガンダムSEED DESTINY
『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』には、インパルスガンダムの装備としてコアスプレンダーという小型戦闘機が登場する。インパルス本体の上半身と下半身との間に挟み込まれる点は初代ガンダムのコア・ファイターと似ているが、元は様々な特性を持った上半身と下半身とを戦況に応じて組み替えることや破損パーツの廃棄・予備パーツの交換によるシステムを意図していたと設定されている。コアスプレンダーも最小限の武装を施されている。
インパルスガンダムは分離システムを活用してフリーダムガンダムを翻弄し撃墜する等の戦果を挙げているが、やはり効果的な演出は難しかったらしく、分離システムはデスティニーガンダム登場後の番組後半ではまったく活用されていない。
劇中での活躍
元々が玩具のガジェットとして創作されたものだったこともあり、劇中で効果的な使い方をされた例は少ない(そもそも非常脱出用というコンセプト自体、主人公機が倒されることの少ないロボットアニメと両立しない)。『機動戦士ガンダム』のテレビ版にあっても、物語と直接関係の無い分離・合体シーンが幾度か盛り込まれており、これらは劇場版においてはカットされている。しかし物語に深く関わる形でコア・ファイターが用いられたシーンは劇場版においても用いられている。ひとつはリュウ・ホセイがコア・ファイターをガンタンクから切り離してマゼラトップに突入し、自らの命と引き替えにガンダムとホワイトベースを救ったシーンであり、もうひとつはラストにおいて、傷ついたアムロ・レイがガンダムの残骸からコア・ファイターを引き出し、燃え崩れるア・バオア・クーから脱出するシーンである。この結末は『ガンダムΖΖ』でも再現されている。一方、個別に戦闘攻撃機としての運用も行われており、ドップを撃墜するなど戦闘機としても高い能力を示している。
美術展覧会『GUNDAM―来たるべき未来のために―』においては、ア・バオア・クーから脱出後に放棄されたという設定の実物大コア・ファイターの模型が展示されていた。
OVA『機動戦士ガンダム MS IGLOO 2 重力戦線』の第3話では、オデッサ戦線の連邦軍が制空戦闘機として運用している描写が見られる。ストーリー冒頭に登場し、機動性を生かしてガウ攻撃空母に肉薄、撃墜する戦果を挙げた。